1907年（清光绪33年），“经将军达桂遵照学部奏定各省兴办学校章程，经由本省学务处饬办”在吉林省农业实验场附设中等农业学堂一所（农业预科），招收预科学生160名，有教员9人，职员7人，隶属“提学司“管理。

1909年，吉林省官立中等农业学堂由建校初期的预科转为正科。

1913年2月，将“吉林省官立中等农业学堂”改为“吉林省省立甲种农业学校”。

1914年，在“吉林省省立甲种农业学校”开始筹办“甲种工业学校”。

1915年，“甲种工业学校”并入“吉林省省立甲种农业学校”，改名为“吉林省省立甲种农工业学校”。

1916年，“吉林省立甲种农工业学校”开始招收林业预科和工业预科插班生。

1921年，“吉林省立甲种农工业学校”有农业科学生160名，工业科学生37名。

1923年7月，根据《吉林省中等学校施行新制标准》，将办了16年之久的“吉林省省立甲种农工业学校”改制为“吉林省省立第五中学校”，开始招收省城（吉林市）、吉林省所属42县及黑龙江省、奉天省（辽宁省）中学生。

1932年3月，“吉林省省立第五中学校”和“吉林省第一师范学校”从东局子旧校址迁移到西关八百垅吉林大学旧校址（现东北电力大学），“实为两校并为一校办法”。

1935年，“吉林省省立第五中学校”搬迁到北大街。省立、市立初级中学合并。2月，“吉林省省立第五中学校”改名为“吉林省省立吉林初级中学校”。6月15日，“吉林省省立吉林初级中学校”改名为“吉林省省立吉林第二两级中学校”。

1944年，“吉林省省立吉林第二两级中学校”改名为“吉林省省立吉林第四国民第三高等学校（高科）”。

1948年3月26日，原吉林省省立第一、第二两级中学及吉林省省立第一师范学校之高级部联合组建“吉林省立吉林联合高级中学校”（后随吉林省委、省政府迁移到长春市，改名为“吉林省实验中学”）。原吉林省第一、第二、第三初级中学校及原吉林省省立第一师范学校之初级部联合组建“吉林省省立联合初级中学校”。

1954年，吉林五中在现址（朝阳街敦化胡同）复校。

1959年3月3日，吉林市教育局下发第10号文件，决定变更吉林市公办普通中学的校名。公办普通中学，包括初、高、完中，一律称为中学，“吉林市第五中学”校名一直延用至今。